長期優良住宅は、劣化対策、耐震性、省エネルギー性などの住宅性能が高く、良質な住宅ですが、当然その分の建築コストは一般住宅より高くなる傾向があります。しかし、良質な住宅ストックを普及させ将来世代に継承するために、様々な優遇措置がはかられています。
●住宅ローン減税など
耐震性、耐久性、可変性等に優れ、適切な維持保全が確保される認定長期優良住宅の普及のため、一定の認定長期優良住宅の新築又は取得を行った場合、所得税、登録免許税、不動産取得税、固定資産税が軽減されます。
【認定長期優良住宅に関する特例措置】
●フラット５０の創設
民間金融機関が、認定長期優良住宅について最長50年の住宅ローンを供給できるように、（独）住宅金融支援機構が支援をしています。
【フラット５０】
●フラット３５Ｓの拡充
（独）住宅金融支援機構の優良住宅取得支援制度（フラット３５Ｓ）は、省エネルギー性、バリアフリー性、耐震性、耐久性・可変性のいずれか1つの基準を満たす住宅について、金利優遇するものです。
【フラット３５】Ｓ